臺北典藏植物園的展區包含最具在地特色的臺灣原生植物區、擁有熱帶島嶼風情的熱帶/亞熱帶植物區、百花爭妍的蘭花與蕨類展示區、造型奇特多樣的多肉植物區、視覺與嗅覺雙享受的溫帶植物區、以及代表堅忍不拔的高山植物區等展示區；此外，在溫帶植物區內還有由中研院彭鏡毅教授提供的秋海棠品種展示。全館總計展出近五百種植物，個個展現自然之美，呈現豐富的植物多樣性。